De invloed die verschillende allelen binnen een locus op elkaar hebben wordt hier besproken. Een uitleg over geslachtsgerelateerde eigenschappen en gekoppelde eigenschappen volgt aan het eind van het artikel.
Dominant en recessief
In de inleiding gebruikten we het voorbeeld van de B-locus waar het b-allel wordt gedomineerd door het B-allel. Als we kijken naar de combinaties voor de B-locus zien we de volgende mogelijkheden met hun respectievelijke kleuren:
| Genen | Kleur |
|---|---|
| BB | Zwart |
| Bb | Zwart |
| bB | Zwart |
| bb | Bruin |
De aanwezigheid van een B-allel verwijdert het effect van het b-allel compleet. Het B-allel wordt dominant genoemd en het b-allel recessief..
Intermediaire erfelijkheid
Sommige allelen werken als lagen verf, des te meer van die allelen aanwezig zijn des te sterke is het effect. Er zijn niet veel voorbeelden bij dieren te vinden, maar waarschijnlijk zijn eigenschappen met een glijdende schaal (melkproductie, lichaamsgewicht, enz.) gebaseerd op dit soort relaties tussen allelen.
Incomplete dominantie
Als het effect van één dominant allel het van effect van het recessieve allel niet compleet overschaduwt dan wordt dit allel incompleet dominant genoemd. Een (niet perfect) voorbeeld is het merle-gen: mm geeft de normale kleur, Mm produceert het merle-effect (een verdunde vachtkleur met willekeurige patronen) en MM produceert het volledige effect (meestal witte honden die blind, doof en/of steriel kunnen zijn).
Co-dominantie
Naast de relatie dominant-recessief kan het ook zo zijn dat de allelen op een locus elkaar totaal niet beïnvloeden. Een bekend voorbeeld is het bloedgroepsysteem (ABO-systeem) bij mensen.
| Allelen | Bloedgroep |
|---|---|
| AA | A |
| AB | AB |
| A- | A |
| BA | AB |
| BB | B |
| B- | B |
| -- | O |
Zo'n vredig bestaan naast elkaar van allelen wordt co-dominantie genoemd.
Geslachtsgerelateerde eigenschappen
Dit omvat twee situaties:
Geslachtsbeperkt
De eigenschappen zijn alleen zichtbaar bij een van beide geslachten. Een voorbeeld is melkproductie (die voor een groot deel erfelijk bepaald is). Deze eigenschap kan niet gemeten worden bij een mannelijk dier, zelfs al is de locus gelegen op een autosomaal chromosoom.
X-chromosomaal
Als de eigenschap gelegen is op het X-chromosoom werkt het gen als een eigenschap op een 'normaal' chromosoom bij vrouwelijke dieren. Mannelijke dieren hebben slechts één X-chromosoom, dus kunnen recessieve allelen niet gemaskeerd worden door het dominante alternatief. Dit effect is te zien bij sommige erfelijke ziektes. Zo'n ziekte komt vaker voor bij mannelijke dieren omdat vrouwelijke dragers het zieke allel kunnen maskeren met een dominant (normaal) allel. In symbolen: vrouwelijk: Vv, mannelijk: vY.
Gelinkte genen
Diverse eigenschappen lijken op een bepaalde manier aan elkaar gekoppeld te zijn. De link komt alleen niet in 100% van de gevallen voor. De uitleg bleek dat de loci voor deze eigenschappen op hetzelfde chromosoom lagen. Met het chromosoom van ofwel vader ofwel moeder krijgt het kind een set van de gelinkt eigenschappen.
Het feit dat deze regel niet in 100% van de gevallen klopte werd later verklaard door het fenomeen 'crossing-over'. Dit zal later besproken worden.