Vachtkleuren van honden worden bepaald door twee soorten pigment: pheomelanine en eumelanine. Pheomelanine heeft een bruinige kleur en komt voor in diverse tinten van blond bij Golden Retrievers tot bruinrood van de Ierse Setter. Eumelanine is zwart of bruin en kan worden verdund tot grijs ("blauw") en leverkleur.
Relaties tussen genen voor vachtkleuren
De pigmenten eumelanine en pheomelanine delen een deel van het productieproces. Dit betekent dat ze concurreren bij de productie; als pheomelanineproductie wordt verhoogd dan wordt de productie van eumelanine automatisch verlaagd.
Welke van de twee pigmenten eumelanine en pheomelanine wordt geproduceerd wordt bepaald door een receptor in melanocyten (pigmentcellen): MC1R (de MelanoCortin1Receptor). De E-locus bevat de code voor deze receptor. Het e allel produceert een receptor die "vast zit" in de positie om pheomelanine te produceren.
De A-locus (Agouti) produceert een eiwit dat bindt aan de MC1R receptor en controleert daarmee de omschakeling tussen de aanmaak van eumelanine en pheomelanine. De omschakeling kan plaatsvinden op grond van de locatie in de vacht of op grond van tijd.
De K-locus (Dominant zwart) produceert een peptide dat ook bindt aan de MC1R receptor en zet dit vast in de positie waardoor eumelanine geproduceerd wordt.
Eumelanine kan twee kleuren hebben: zwart en bruin. Welk type geproduceerd wordt bepaalt de B-locus (TYRP1).
De vorm van pigmentkorrels in melanocyten hangt af van een matrix van filamenten. Dit wordt beïnvloed door de D-locus (MLPH).
De matrix van filamenten die nodig zijn voor de productie van pigment en voor het behouden van de vorm van een melanocyt wordt ook beïnvloed door de M-locus (SILV/PMEL).
Pheomelanine vertoont ook een variatie in intensiteit. Dit wordt nog druk onderzocht maar bij een aantal rassen zijn al enkele genen gevonden die de intensiteit beïnvloeden.